xlsfonts | grep misc
sudo dpkg-reconfigure fontconfig
Answer the questions it asks and when it asks for enable use of bitmap fonts...say yes.
Sunday, September 28, 2008
Ubuntu 8.04: to solve wakeup problem after suspend
Problem: Black screen when resuming from suspends
It's really annoying and frustrating when using a laptop. I wish Ubuntu already had already solved this problem.
Cause: compiz! (to figure out do a simple test: disable compiz before entering standby and you should be perfectly able to resume)
Solution1: install via apt-get CompizConfig ### I haven't tried yet
then in General Options go to Display Settings and disable Sync to VBlank
Solution2: disable Compiz in Ubuntu 8.04 ### It works on my laptop - HP 8710w
System->Preferences->Appearance->Visual Effects and set them to None.
If problem persists also try changing some values in /etc/default/acpi-support
most notable change should be changing POST_VIDEO=true to POST_VIDEO=false
It's really annoying and frustrating when using a laptop. I wish Ubuntu already had already solved this problem.
Cause: compiz! (to figure out do a simple test: disable compiz before entering standby and you should be perfectly able to resume)
Solution1: install via apt-get CompizConfig ### I haven't tried yet
then in General Options go to Display Settings and disable Sync to VBlank
Solution2: disable Compiz in Ubuntu 8.04 ### It works on my laptop - HP 8710w
System->Preferences->Appearance->Visual Effects and set them to None.
If problem persists also try changing some values in /etc/default/acpi-support
most notable change should be changing POST_VIDEO=true to POST_VIDEO=false
Friday, September 26, 2008
为什么 Mozilla 要固守 Gecko 内核（下） [ZT]
为什么 Gecko 备受第三方青睐？
值得一提的是，Gecho 的诸多独特功能颇受第三方开发者青睐。业界已经出现不少基于 Mozilla XUL 的应用，例如，Songbird 音乐播放器，Miro 视频播放器，以及 ActiveState 的 Komodo IDE。这意味着，第三方开发者可以使用 XUL 和 JavaScript 在装有 Firefox 的机器上构建富 Internet 应用。同样，我们看到一些复杂的 XUL 程序正被设计成 Firefox 的扩展，例如，Pencil，一个 GUI 界面原型绘制程序，该程序最近曾荣获 Firefox 3 扩展设计大奖。
即使一些 Webkit 阵营的公司，也在 Gecko 和 Firefox 投入了非常客观的资源进行研究。例如，Nokia 正在投资一个 Firefox Qt port 项目，而 Adobe 也在同 Mozilla 合作开发 Tamarin，一个用于 Adobe Flash ActionScript 虚拟机的 JavaScript 引擎。
很明显，Gecko 拥有 Webkit 所有的功能，性能，以及低内存占用优势，同时拥有其它渲染引擎所不具备的高级功能。尽管 Webkit 的狂热者认为 Webkit 更好，但 Firefox 没有任何理由舍弃 Gecko。解释为什么 Webkit 不是 Firefox 的未来
我们曾问过 Mozilla 的现任 VP 工程师 Mike Shaver，他对 Gecko 与 WebKit 之争有何看法，为什么他认为 Gecko 仍然重要。他在 Email 回复中说，
“我对开发 Webkit 的人充满敬意，也欣赏他们的工作。他们的努力让 Web 变得更好。而 Mozilla 本身也在这种竞争，以及同 Apple 在 Web 标准的合作中变得更好。”
虽然 Mike Shaver 尊重 Webkit 的技术贡献，但他相信，Webkit 的开发模型以及它的生态系统导致这个内核不适合 Firefox。
“我们的众多项目，从桌面，到移动设备，到 XUL，到雷鸟，都使用一个统一的引擎，这为我们带来诸多好处。如果你看一下 Webkit ，就会看到他们有很多不同的项目，这些项目最终是否会聚焦到一起还不得知。如果要启用 Webkit，我们需要对这个产品进行大量剖解，而让这样一个飞速发展的替代品加入进来未必是好事。同时维护多个引擎是很艰难的工作，我们不想找这个麻烦。”
同时，如果启用 Webkit，Webkit 的运作模式，以及苹果透明度的缺乏也将对 Firefox 带来负面影响。
“我觉得如果那样，我们的日子将非常难过，在我们的社区，补丁与评测都非常透明，比如，我们不会因为那些只能用于苹果的 Bug 跟踪系统而漏掉某个 Bug。对我们来说，引入 Webkit 并继续保持我们以前的透明度将降低我们的效率，而我们也不愿失去这些透明度。我们的体系在我们这边运转得很好，他们的体系在他们那边也运转得很好，我不认为有哪个体系可以在两边都如鱼得水。” 结论
客观地讲 Gecko 的技术优势非常明显，而向 Firefox 迁移 Webkit 的代价又很高，我们以前也讲过，拥有多样性的产品与竞争是一件好事。
Gecko 和 Webkit 之间有很多东西可以互相学习，但用 Webkit 替代 Gecko 并没有道理，Mike Shaver 最后提到，“我们象所有人一样关注 Webkit，也象所有人一样挑剔 Gecko，然而将二者互换既不现实也没有意义。 ”
值得一提的是，Gecho 的诸多独特功能颇受第三方开发者青睐。业界已经出现不少基于 Mozilla XUL 的应用，例如，Songbird 音乐播放器，Miro 视频播放器，以及 ActiveState 的 Komodo IDE。这意味着，第三方开发者可以使用 XUL 和 JavaScript 在装有 Firefox 的机器上构建富 Internet 应用。同样，我们看到一些复杂的 XUL 程序正被设计成 Firefox 的扩展，例如，Pencil，一个 GUI 界面原型绘制程序，该程序最近曾荣获 Firefox 3 扩展设计大奖。
即使一些 Webkit 阵营的公司，也在 Gecko 和 Firefox 投入了非常客观的资源进行研究。例如，Nokia 正在投资一个 Firefox Qt port 项目，而 Adobe 也在同 Mozilla 合作开发 Tamarin，一个用于 Adobe Flash ActionScript 虚拟机的 JavaScript 引擎。
很明显，Gecko 拥有 Webkit 所有的功能，性能，以及低内存占用优势，同时拥有其它渲染引擎所不具备的高级功能。尽管 Webkit 的狂热者认为 Webkit 更好，但 Firefox 没有任何理由舍弃 Gecko。解释为什么 Webkit 不是 Firefox 的未来
我们曾问过 Mozilla 的现任 VP 工程师 Mike Shaver，他对 Gecko 与 WebKit 之争有何看法，为什么他认为 Gecko 仍然重要。他在 Email 回复中说，
“我对开发 Webkit 的人充满敬意，也欣赏他们的工作。他们的努力让 Web 变得更好。而 Mozilla 本身也在这种竞争，以及同 Apple 在 Web 标准的合作中变得更好。”
虽然 Mike Shaver 尊重 Webkit 的技术贡献，但他相信，Webkit 的开发模型以及它的生态系统导致这个内核不适合 Firefox。
“我们的众多项目，从桌面，到移动设备，到 XUL，到雷鸟，都使用一个统一的引擎，这为我们带来诸多好处。如果你看一下 Webkit ，就会看到他们有很多不同的项目，这些项目最终是否会聚焦到一起还不得知。如果要启用 Webkit，我们需要对这个产品进行大量剖解，而让这样一个飞速发展的替代品加入进来未必是好事。同时维护多个引擎是很艰难的工作，我们不想找这个麻烦。”
同时，如果启用 Webkit，Webkit 的运作模式，以及苹果透明度的缺乏也将对 Firefox 带来负面影响。
“我觉得如果那样，我们的日子将非常难过，在我们的社区，补丁与评测都非常透明，比如，我们不会因为那些只能用于苹果的 Bug 跟踪系统而漏掉某个 Bug。对我们来说，引入 Webkit 并继续保持我们以前的透明度将降低我们的效率，而我们也不愿失去这些透明度。我们的体系在我们这边运转得很好，他们的体系在他们那边也运转得很好，我不认为有哪个体系可以在两边都如鱼得水。” 结论
客观地讲 Gecko 的技术优势非常明显，而向 Firefox 迁移 Webkit 的代价又很高，我们以前也讲过，拥有多样性的产品与竞争是一件好事。
Gecko 和 Webkit 之间有很多东西可以互相学习，但用 Webkit 替代 Gecko 并没有道理，Mike Shaver 最后提到，“我们象所有人一样关注 Webkit，也象所有人一样挑剔 Gecko，然而将二者互换既不现实也没有意义。 ”
为什么 Mozilla 要固守 Gecko 内核（上）[ZT]
随着 Google 推出 WebKit 内核的 Chrome 浏览器， 一些技术狂热分子开始盘算 Mozilla 的 Gecko 内核是否即将走到尽头。然而尽管 WebKit 日渐流行，那些熟悉 WebKit 与 Gecko 的差异，并对 Gecko 大加赞赏的人还是认为，Mozilla 在未来版本的 Firefox 中使用 WebKit 内核的可能性尚无从谈起。
Webkit 的优势
Webkit 是一个开源的HTML 渲染引擎，由苹果公司基于 KDE 的 KHTML 项目开发而成。我们从 Chrome 的评测中已经看Webkit 是一个非常轻量的渲染引擎，因其紧凑干净的代码基础，出色的标准支持，以及很小的内存占用而备受赞誉。这些品质使得 Webkit 成为众多浏览器的热选内核。
Webkit 主要用于苹果的 Safari 浏览器与 iPhone，但一些重要的厂商如 Adobe，Nokia, Trolltech 也使用这个核心。Webkit 的用户中还包括一些不太知名的浏览器，包括 iCab, Omniweb, Shiira, 以及 Epiphany。在一些二线操作系统，如 Haiku, Syllable, 甚至 Amiga，Webkit 也大行其道。越来越多的开发者，使用 Webkit 开发富 Internte 应用（rich Internet applications）。Google 在对众多内核进行评估之后，为 Android 移动浏览器，以及 Chrome 桌面浏览器选择了 WebKit。
开发者对 Webkit 公认的评价是：这是一个非常出色的渲染引擎，可以用于众多场合，它的吸引力让很多开发者开始怀疑 Mozilla 的 Gecko 内核是否还有市场。
苹果为什么抵制 Gecko
Gecko 源自 Netscape，并早于 KHTML，Gecko 因庞大与复杂的代码基础而频遭诟病。Gecko 非常强大，但代价高昂，复杂，高内存占用。因此，在很多场合 Gecko 的众多功能反而成了负担。
Gecko 内核过于复杂的原因是 Gecko 意图提供除了 HTML 渲染之外的更多功能。Mozilla 早期的野心很大，Mozilla 最早的应用套件包括浏览器，邮件和新闻组程序，Web 设计工具，IRC 聊天工具。除了渲染 HTML，Gecko 还要提供一种应用广泛的，基于 XML 的用户界面生成引擎，XUL。XUL 被用在所有这些程序中。XUL 现在仍用在 Firefox 中，用来生成用户界面，因此造就了 Firefox 最有价值的重多扩展应用。
Gecko 过于复杂的另外一个原因是 XPCOM，一个强大的组件系统。虽然 XPCOM 为 Gecko 带来很多激动人心的功能，让这个渲染引擎实现组件化，然而，这个功能被一些开发者滥用，当 Ars Technica 2004年采访 Mozilla 开发者 Scott Collins 的时候，Scott Collins 说，对 XPCOM 的滥用是 Mozilla 犯的几个主要错误之一。
鉴于 XUL 和 XPCOM 所带来的复杂性，苹果自然要考虑为 Safari 选择一种更轻量的内核。苹果要设计一款可以和 Mac 操作系统紧密结合的浏览器，他们还预见到，这个引擎应该支持移动设备，他们因此认识到 KHTML 比 Gecko 更合适。
2003年，当苹果决定在 Safari 中使用 KHTML 的时候，Mozilla 的 Mike Shaver 曾在博客中承认 Gecko 的缺点。他同时预言，苹果会成为他们推广 Web 标准的联盟。他写道，
“小而精练曾是我们的苦苦追寻的目标，Gecko 的庞大与臃肿在各种评测中拉了我们的分数，如果我不得不写一个新浏览器，我会考虑 Mozilla 之外的选择。我希望 Mozilla 向 Safari/KHTML 学习，因为它们用 1/10 的代码实现了非常棒的功能。”
Gecko 洗心革面带来 Firefox 3 的火爆
2003年以来，发生了很多变化。Gecko 代码基础已经发展了很久，Gecko 依然复杂，然而它的很多历史遗留的缺陷正被一一攻破，Gecko 为 Firefox 3 带来众多革新，为整个 Web 浏览体验带来非常显著的改善。
Gecko 1.9 使用跨平台的 Cairo 渲染框架，对 SVG 的巨大改进简化了代码并引入一些非常 Cool 的功能，如全页缩放，同时，重构的 reflow 算法，让 Gecko 通过 Acid 2 测试成为可能。Mozilla 还非常显著地降低了对内存的占用，甚至超越了 Safari 和 Opera。
对 XPCOM 的使用被大大减少，XPCOM 对资源的占用通过一个新的循环回收器得到减低。这个工作仍在继续，Mozilla 将在 Firefox 4 中进一步减低 XPCOM 的负担。Gecko 的其它缺陷也在新的开发中被一一正视，比如，Firefox 3.1 的 Alpha 版中就已经加入对 CSS 3 的支持，另外一些性能的改进会让 Gecko 更具竞争性。Mozilla 的 TraceMonkey 引擎将可能包含在 Firefox 3.1 中，这将显著地提高 JavaScript 性能。
从技术的角度，Gecko 现在非常稳固，丝毫不比 Webkit 差。一些证据显示，Gecko 正在进军移动领域，这在不久前还是不可能的事。Mozilla 拥有资源，开发经验以及社区支持，这将引导 Gecko 进入任何 Webkit 所能进入的地盘。
Thursday, September 25, 2008
硬盘才是王道，光盘存储寿命分析[ZT]
硬盘才是王道，光盘存储寿命分析
刻录光盘能储存多久而不致因为本身材料各种形式的变质而导致数据丢失？厂商的回答是令人乐观的，多为数十年，甚至也有上百年的。当然，往往这些字眼前后都 会加上“理论寿命”、“实验室条件”等限定性字眼。从当初的CD刻录时代到现在，这种数十年乃至上百年的美好愿望早已经被无情的事实所打破。很多碟片储存 数年甚至不到一年之后就开始出现数据丢失：表现为光盘有不可读或读取错误的损坏数据块，或者干脆无法被光驱识别。到了如今DVD刻录进入普及化阶段，光盘 的短命现象似乎更加普遍。一时间不少论坛“谈盘色变”，硬盘与光存储的取舍争论此起彼伏，无数本想加入刻录大军的人以怀疑夹杂着震惊的口吻在各IT论坛大 声求证——“光盘到底能保存多久？我还能相信它吗？”
（一） 光与磁，合作更胜较量
光存储可以购买单独的刻录碟片作为耗材使用，容量扩展方便。成本上，目前硬盘单GB成本超过2元，而市面上名牌16X DVDR的单GB成本才0.6元，差距达到200%以上。从交换便利性来说，拆硬盘从安全性和可操作性来说显然不如光存储的独立盘片设计。但是，光存储也 有读写速度相对缓慢、大多数盘片不可改写（某些情况下这也是优势）、单盘容量不大的缺点。
可以看到，光存储本身与硬盘在特性上有很大的差异，两者其实并无太大的冲突，反而能凸现出互补的应用空间。我们通常认为，光存储更偏向于“存”，数据保存 量可能很大，但是访问频率并不很高；或者有频繁的数据交换需求，速度要求不苛刻。而硬盘不但要“存”，更要“用”，数据访问频率相对更高，对速度也有相当 的要求。例如现今很多游戏玩家都习惯用虚拟光驱加载光盘镜像来进行游戏，避免更换光盘的麻烦，又保护光驱，游戏载入速度往往还有显著提高；另一方面，从高 码率DVDRip到DVDISO视频乃至HDTV视频的流行是DVD刻录机甚至未来的蓝光刻录机普及的强有力推动。当用户因为硬盘空间不足而购置刻录机之 后，首先“解决”的往往就是那些体积不小、放着不怎么用删了却又显得可惜的内容吧？
（二） “数据无价”口号不能乱喊——数据的时效性之我见
上面我们谈到了，光存储多用于数据保存备份与交换。那么在提出对光盘寿命的要求之前，我们应该先问问自己：这数据我需要存留多久？
有个好友与我谈到了很“可爱”的例子：他是个光存储爱好者，某日从自己的盘堆中翻出一张刻过了的柯达黄金CD-R。这种CD-R当年以寿命长久而且价格颇 为昂贵著称。他想不起这碟里面刻了什么东西，放进光驱打开一看，不禁哑然失笑——孤零零的一个PhotoShop 6.0。
从这个例子我们可以看出，至少一部分用户在某些情况下对数据保存有一种冲动：珍贵的数据就应该不惜血本下“猛料”。然而对这个“珍贵”的认识，现在看来却 有很大的问题：数据所起的作用只是影响其珍贵程度的一个因素，甚至不是最重要的因素；数据的本身获得的难易程度、数据的更新速度这些决定数据时效性的因素 很大程度上决定了对于存储来说数据的“实际”珍贵程度。
工具软件、数据资料，这些数据不可谓不重要，但是在互联网尤其是各种形式的宽带接入高度普及的现在，他们要么非常容易获得，要么版本更新频繁，也就完全没 有必要对存储寿命有过高的要求。即使对于正版软件光盘的备份，也应该考虑到，因为价格因素无法逐版升级，总体的进步趋势不可避免——何况正版软件载体光盘 一般都是优质压制光盘，本身保存稳定性强于一般的刻录盘。因而可以认为，对绝大多数软件与纯数据备份，因为它们有效时间比较短，根本没有长期存储的需求。
那么网络下载或者个人复制的影音数据呢？这类数据由于内容所含有的艺术价值可以被反复享用，从而其内容往往有超过普通数据的时效性——然而，我们需要它“天长地久”吗？
对于一部电影，其实大多数用户看过两三遍甚至一遍之后就再也不会重温，即使个别经典令人百看不厌，也往往意味着即使很久之后，这些电影因为广受好评而仍然 很容易下载/购买/租借到，所以仍然不显得特别的珍贵。很多用户刻录电影的原因往往是：硬盘放不下了；想在影碟机上看；刻成盘给亲戚朋友看。当然，其中也 会有特例，毕竟众口难调，一些用户也许会有自己的收藏。
对于音乐，这个问题更显得复杂了。一张流行音乐唱片，其内容能流传多久？以你听音乐的习惯，会珍视它多久？在这个快餐文化流行的时代，这真的是很难回答的 问题——然而通常来说，恐怕并不会太长久。对于时常更新而体积相对袖珍的MP3等压缩格式，硬盘有时是更好的选择。这方面的长期存储需求大多是一些个人收 藏，其中APE、FLAC这样的无损压缩格式更受青睐一些。但实际情况可能也只是经常听其中的一部分，而大多数是满足个人“收藏欲”或者保存真正珍贵的高 价唱片而已。
最后，我认为毫无疑问具有几乎永久价值的是纯粹的个人数据：文稿、照片、录音、DV影像或者任何其它形式的个人记录与作品。这些数据具有终生纪念性与唯一性——无法再从其他渠道获得，从而需要长期乃至永久的保存，也就成为了对光存储寿命提出了最苛刻要求的应用。
综上所述，理性思考数据时效性，根本上是正视自己的实际使用需求，这样我们发现，对大多数人，真正需要珍藏的东西恐怕并没有想象中那么多。虽然如此，过短的寿命仍然是我们不能接受的，是什么造成了光盘失效呢？
（三） 浅析影响光盘寿命的因素
首先我们以最常用的CDR和DVDR作为代表来看一下刻录碟片的结构。CD主要分为保护层、反射层、染料层和基板；DVDR读取/刻录波长短，轨道间距与数据间隙小，聚焦更为精细，因此数据层与读取面距离更近，所以采用的是反射层与染料层夹在两层基板之间的结构。
工作原理上，CDR与DVDR是完全相同的：光头发出激光从读取面射入，经过基板和染料层，经反射层反射原路返回。反射层反射率较高，基板正常状态下透光 率也很高，改变光信号主要依靠染料。染料是各种特殊的有机材质，具有对特定波长光的光敏特性，在特定波长光的照射下分子结构会发生改变，从对光吸收相对较 少的状态变为对光吸收较多的状态。刻录时，光头射出波长与读取激光束相同但是功率大一个数量级以上的刻录激光束，在控制芯片控制下根据数据编码对染料进行 局部照射，使该部位染料分子结构变化。这样在读取时，这些吸收光较多的区域与吸收较少的区域就形成了对比，模拟出了压制光盘的坑-台（Pit-Land） 效果。这个过程，如果把反射层比喻为镜子，基板是几乎完全透明的空气，染料是镜子前原本半透明的一层覆膜。刻录过程，就是根据指令把这层覆膜上的特定部位 烤焦。烤焦的部位与透光的部位对比就形成了我们需要的图案——数据的排列。
光盘每个组成部分的寿命，都影响着光盘整体的寿命——需要指出，所谓寿命，并不只是说个例所能达到的最高水平，也不会是偶尔比较糟糕的情况下遇到的情况，而应该是某种盘片中绝大多数良品在一定情况下所表现出来的保存性能——这种寿命评估，只能是概率的、总体的、估计的。
反射层是厂商经常喜欢做文章的一个因素。然而事实上染料才是寿命的主要决定因素——其不稳定性远比反射层来的显著。压制盘反射层一般采用铝，刻录盘由于溅 镀工艺与反射率、染料技术的逐步改进，先后使用过金、银、铝等材质。反射层并非材质选用的主要因素，而是因为这三种金属本身能够被溅镀的难易程度与稳定 性。从反射率上说，染料的影响更明显，不同金属反射层的反射率与具体工艺关系很大，也没有染料那样的决定性作用。反射层的主要破坏形式是物理损伤和氧化。 对于对抗氧化，金的确有先天的优势，所以在一些特别设计的以长寿命为主要诉求的盘片上，仍然坚持使用金作为反射层材质。当然这些盘的价格一般是比较昂贵 的。然而对于普通盘片，考虑到相对不足的整体做工和并无特别设计的染料，只要其制造不出现问题，反射层密封良好，那么使用昂贵的金并不会比相对廉价的银或 铝有什么实际的优势。
染料的寿命，在当前技术条件下，是影响盘片整体寿命最主要的因素，或者说最为脆弱的一环——这不难理解：功能上要求染料必须具有一定化学活性才能在刻录时 产生变化，但对于保存，这种活性就体现为一种不稳定性。染料研发的重要目标之一就是解决这种功能实现与保存稳定性之间的矛盾：需要同时实现对特定波长写入 光的活性和对其他非写入波长光的惰性，同时还要有较高的常温稳定性。目前来看，染料性能已经足够使用，但离完美距离还非常的遥远。
谈起染料，随便翻开一本稍微有些厚度的刻录指导性书籍，开头往往都是“光盘染料分为三大类：花菁素（Cyanine）、偶氮类（AZO）、肽菁 （Phthalocyanine）”。这种分类自然是正确的，只是需要注意的是，这只是对染料的基本成分/原理的归类，各厂家的实际产品都是在这三大类基 础上有自己的发展，并不能说，同样的染料类型，性能就是一样的——实际上，相同类型的染料，根据需求不同进行调配后，也是会有很大性能差异的。目前一般认 为，三大类染料中，肽菁具有最佳的光照稳定性，偶氮次之，花菁染料相对最差（参看破坏性光照测试：）。但同时也证明了，盘片的光稳定性与具体厂商、盘片本 身质量也有很大关系。优质的花菁染料盘胜过劣质肽菁盘是很正常的事情。
DVDR的染料分类相对简单多了，由于偶氮染料经过调整很迅速的成为了成熟的DVDR染料，而花菁、肽菁没能做到这一点，所以偶氮类染料很快就成为目前市 面上几乎所有DVDR所采用的染料类型——即使作为染料研发能力极为出色、花菁素染料发明者的太阳诱电所产盘片也是如此。
一般来说，鉴别染料类型是比较简单的：没有装饰性加色时，使用三种染料的CDR光盘刻录面颜色差异显著。DVDR除了早期能看到使用紫红色染料（疑似花菁的改进型，不肯定），目前基本都是使用偶氮类染料，刻录面深蓝色。
本体颜色 配合金反射层的
刻录面颜色 配合银或铝反射层
的刻录面颜色
花菁 淡蓝色，偏绿 绿色（绿盘） 很淡蓝色（水蓝盘）
肽菁 淡黄色 淡金色（黄金盘） 接近无色的淡黄（白金盘）
偶氮 蓝色，偏紫 未见过此种搭配 蓝色（深蓝盘/浅蓝盘）
染料的脆弱性还体现在它的易氧化性上。也许某张盘存储的电影中，男主角会对女主角深情高呼“你是我的氧气”，然而那张盘上的染料却绝对是不折不扣的“见氧即死”。
在 CDR上，这个问题尚不是特别显著。因为在CDR上，染料一面是厚厚的基板，另一面是除了反射层就是涂布上的保护层。这种涂布上的保护层密封效果比较好， 不容易脱落。除非印刷面遭到重创，保护层和反射层都物理损坏，CDR的染料层基本是不会遇到氧气的。在DVDR上就不是这样了，染料和反射层夹在两层基板 之间，基板的粘合工艺受到了考验。内圈粘合区在夹持区小环与大环之间，比较宽，但恰恰是粘合工艺瑕疵的重灾区。这个区域的胶合工艺瑕疵如气泡、开胶，较早 一些的中低价盘片几乎可以说是“张张必备”。当这些气泡开胶比较细散时，一般不会扩展开来。但是个别比较严重的情况下特别是高速刻录时，一旦这些气泡、开 胶扩展开来，直到数据记录区域，空气就会乘隙而入，不巧首先碰到的就是内圈的分区信息——盘片几乎“瞬间死亡”。这是DVD刻录盘忽然间显得“高危”并受 到声讨的重要原因。目前来看，粘合工艺已经成熟了很多，常见中高价盘片中基本看不到这样的瑕疵了。
刻录质量是盘片寿命的基础，如果原先刻录质量就不好，光反射信号就显得模糊难辨，稍经时日盘片有所老化，自然很快就难以读取；反之，如果刻录质量优秀从而反射信号清晰可辨，即使有所变质老化，其信号的清晰度依旧高于光头读取的阈值，盘片仍然可读，寿命就显得更长。
具体怎样检测盘片的染料状态呢？我认为，C1C2/PIEPIF测试是简易可行并且实用有效的方法，前者用于CDR/RW，后者用于DVDR/RW。 PIE /PIF测试在Nero CD-DVD Speed和LiteOn KProbe软件中一般称呼为PIE/PIF测试，Plextor专用的PlexToolProfessional叫做PIPO测试，虽然两者表述指标并 不等同，但是有相关关系，测试功能也近似，所以通常交流中提起时并不严格区分。关于这两种测试的具体介绍请参看其他资料比如微型计算机DVD刻录机评测中 有关内容。要特别注意测试时的读取速度设定。速度设定比较低时，如2X、4X等不超过8X情况下，基板稳定性对测试不造成太大影响，这样的低读取速度测试 主要考校染料的情况。高速测试则更体现为综合染料和基板两方面因素的高速稳定性。当然，高速测试对染料状况仍有一定代表性，而且速度快，不严格测试也可选 用。看一个测试的时候，需要结合其具体读取速度来看，尤其Nero CD-DVD Speed默认读取速度为最大，而一些光驱读取不同光盘速度设定不一致，这样的测试有时就显得没有站在同一起跑线上。
对于质量不太差的盘片，基板和反射层都不会有太严重的问题，染料刻录后分子结构转变是否足够彻底、与原始状态对比是否强烈是盘片低速测试成绩的决定性因 素。一般认为，优秀盘片的测试成绩应该是在平坦曲线的前提下具有较低的C1C2/PIEPIF数值。但是对于盘片保存来说，倒不一定追求很低的C1C2 /PIEPIF值。比如，可能某种盘片的染料更多的考虑存储耐久性而特别设计，惰性比较强，刻录后对比不十分强烈，测试成绩自然不会很好，但是实际寿命却 很长，数据历久弥新。而有的盘片，染料活性强，刻录效果较好，但是由于本身稳定性不足或者做工不佳导致最终早夭。这不仅仅是可能，也是有实例依据的。所 以，C1C2/PIEPIF成绩虽然能表现盘片的刻录效果，但绝不是对盘片质量的完整描述，不代表盘片的实际保存寿命。C1C2/PIEPIF曲线起伏很 大或者数值过高这样的糟糕成绩，表示盘片本身刻录情况就堪忧，保存潜力值得怀疑；相反，C1C2/PIEPIF成绩很好，也仅仅表示盘片在测试时染料状态 良好，并不能仅仅依据这点认为该盘片的保存寿命就一定会很长。
最后还要提到基板。几乎所有的光盘都使用聚碳酸酯这种被认为具有优秀常温稳定性和光学特性的塑料作为基板材质。然而很遗憾，新的研究表明它并不是那么可靠 （已经麻木了吧？），受光照、温度、湿度乃至生化因素影响，寿命很可能远远达不到预期的100年，关键原因仍然是各种形式的氧化作用，但并不表示仅仅是氧 气的问题。这种未曾预期的相对高速老化虽然远比染料的老化变质来得慢，但他不仅仅威胁到刻录盘，也威胁到压制盘——所谓“百年品质”，不过是个笑话。
此外还有各层之间所用材料或材料中杂质造成的层与层间互相腐蚀，只作为一个因素，缺乏相关信息。
（四） 不可能的任务？——延长光盘保存寿命的点点滴滴
“ 危言耸听”了那么一大段，是不是对光存储失望透顶？我们正是要有正视困难的态度才能有战胜困难的勇气（笑）。回顾第一、二章，我们首先要控制住无谓而莫名 的恐惧：纵然光盘保存时间远不如厂商所宣传，我们的大多数应用本也用不着那么长久的存储寿命。当问题不实际影响我们的应用时，也就不成为问题了。对于寿命 有一定要求乃至有几乎永久性寿命要求的珍贵资料，我们仍有很多优秀的产品能够选择，有很多的方法去尽量最大化盘片的寿命。
让我们从最初的产品选择开始——介绍品牌并不是本文宗旨，市场瞬息万变，需要掌握的应该是怎么审视自我需求，找寻适宜产品。
刻录机选择可谓一团迷雾，功能、刻录性能、质量、价格，每个人都有自己的需求和衡量标准。个人以为各大一线品牌的产品都有可取之处，但也都不是尽善尽美。 对于刻录质量，个人并不认为在这些品牌中有特别突出的或者明显落后的，而往往是体现出对于某一类、某几个品牌甚至某一批次盘片特别突出的刻录效果。这与盘 片本身并不稳定的批次质量、复杂且不时转换的代工关系、染料配方不断的改进以及刻录机刻录策略随Firmware更新不断的调整有很大关系。与其苦苦寻觅 一个很可能本不存在的最佳，不如根据自己实际的功能/性能/价格需求和品牌偏好选择，然后在盘片选择上下功夫。
盘片选购须特别注意自己的需求与刻录机本身兼容性偏向。-R与+R在使用方法和实现效果上并不体现出什么本质差异，根据自己刻录机的兼容偏好选择即可。盘 片的实际刻录效果也时常受制于刻录策略的更新，尤其当盘片厂商对产品有较大调整时。有时仅仅是一版Firmware更新就能让一款盘片的刻录效果翻天覆 地。在此仅举近期一例，Kodak的 8X +R盘片（MID：AML 002）在我看来具有其类似价位盘片中较为出色的做工。但是，在Plextor 716A刻录机上，这种盘片以6X、8X刻录出盘片的测试成绩都比较不好，曲线既不稳定，PIPO（前面说了，类同PIEPIF测试）数值也比较高，只有 降速到4X的效果才算令人满意——然而一张盘15分钟还是不那么令人愉悦的。在其他一些品牌的刻录机上，这种盘的表现也有类似情况。但是，如果换用 LiteOn或者NEC的刻录机，却能有较为出色的表现，也就是说，使用LiteOn或者NEC刻录机的用户买这种盘片可能会是比较不错的选择。在此重申 一下：C1C2/PIEPIF只是寿命的基础，很多优秀盘片比如著名的TDK超硬系列并没有特别出色的PIEPIF成绩。
盘片的做工是需要实际观察的。一张做工优秀的光盘，以DVDR为例，可以从以下方面观察。首先，染料层与反射层完好——不能有缺损，整体看起来均匀，没有 可见瑕疵。反射层使用金属溅镀工艺涂布，很多因素会影响其质量。比如基板清洁不到位就可能导致反射层有缺损，溅镀工艺参数设定不好就会导致反射层不均匀。 客观地说，反射层与染料涂布问题在刻录盘制造工艺比较成熟的现在，出现在零售产品中是很罕见的，但是据闻厂家确实容许一定程度的瑕疵存在。我就买到过有明 显反射层瑕疵的名牌盘片 ——一整桶的CDR居然在同一个位置有一个针尖大小的反射层缺失点，刻出的盘在对应位置就体现出一个C2尖峰，用于CDAudio刻录就会有暴音。其次， 看DVDR胶合质量与CDR的保护层涂布质量。DVDR内圈的胶合区应该均匀平整，最好不含有气泡，胶合边缘整齐没有局部胶水突出或内陷的情况——简单的 说，对光一看，匀净整齐比较悦目的，一般就比较不错。外圈主要是看保护层或者胶合所挤出的不规则边缘，也就是“塑料泪”是否相对平滑整齐均匀。再者看基板 的工艺，除了整体平整光滑外，注意内外边缘，应当没有飞边，手指套在中间孔洞处转动、沿盘片外边沿滑动，应当没有“刺感”。最后，关于盘片厚度，消费者心 目中“堆砌良材即为上品”的观念并不科学，符合标准但偏薄的光盘毫无疑问有利于厂商节约基板塑料，通常也对一般读取/刻录没有太大影响，但是不利于高速稳 定性，在老光驱上也可能遇到夹盘不紧的故障。客观地说，其影响并不算太大。一张光盘的厚度如果不和其他盘对比，肉眼很难看出差异，但是有种简单的方法：看 50片布丁桶包装，只要桶是一样或者类似的，看50片叠在一起的高度与桶顶部还有多大距离，就基本能看出盘片相对厚度了。
就大陆盘片市场的现实状况来说，作为光存储媒体领域的领导者，三菱/威宝的标准版产品也就是目前所谓的“三菱/威宝白面”具有最良好的兼容性，其价格具有 相当的参考性。通常，如果预备买的盘片价格显著低于三菱/威宝的产品，那么通常多在性价比上打主意；反之，如果价格高于三菱/威宝的同规格产品，我们应当 更多的关注其性能表现而不要对价格过于敏感。这既体现消费者对价格的心理定位，也部分体现了实际市场产品的定位。实践已经一再证明了，总体上，名牌产品以 更高的价格提供了更好的品质——不论是刻录机兼容性上还是实际做工乃至保存寿命。刻录机制造厂商测试盘片厂商的样品后，编写出含有具体刻录策略的 Firmware供给终端消费者更新。大厂的盘片很自然的被更多的选用和测试，兼容性真是想不好都难。而做工方面，大厂的优势更多的是由于对生产流程的成 熟、生产线的良好维护、核心生产技术的掌握以及高价格带来了更低的成本限制。保存寿命优势，其实就是这种兼容性、制造、技术三方面优势的综合。
那么，到底这些盘片能保存多久呢？我认为，三菱/威宝这一级别的DVDR产品，在正确刻录和良好保存（后面会提到）的前提下，目前看来足以提供三年以上的 可靠存储。三年，也许是不长的时间，但是依一般用户数据的时效性，绝大多数刻录应用已经足以应付。所以，对于通常的一般影音数据，这样的盘片已经能满足需 求。对于寿命要求更低的短时间存储或者纯交换性用途的盘片，完全可以选择价格更低廉的盘片。CDR盘片寿命会更长些，但是一般也不要期望五年以上。
但是，对于“珍藏”级别的数据，恐怕没有任何大众化的光电手段能满足您十年甚至更久的存储需求，使用优质产品甚至特殊设计的长寿产品加良好保存毫无疑问可 以大大延长数据的存储寿命 ——但是无人能“保证”一个具体的期限。大多数的光存储产品标签上都会有数据丢失免责声明，而我也从未在任何光储产品宣传上看到非常明确的表示“保证”具 体多久的稳定寿命。当你看到厂商类似这样的介绍时，请首先仔细研读其语句，什么“up to（可达）”、“with proper handeling（在适当操作条件下）”之类含糊其辞“留后路”的说法，恐怕也是厂商的无奈吧！对于这样的珍贵数据，高品质盘片或者双份乃至多重备份是 毫无疑问的，定期翻刻才是保证数据历久弥新的正道。如果要问“那花费岂不是很大？”——有这样的疑问，首先正应该衡量一下自己心目中数据与所付出金钱的价 值对比——珍藏，岂会是没有任何代价的？
刻录习惯上，不论出于提高刻录质量还是保养刻录机的考量，都应避免使用过高的速度刻录或者连续刻录。刻录机的Firmware我推荐使用官方更新中比较新 的版本。虽然有时候更新版本在某些盘片上的刻录效果甚至不如从前，但一般来说差距不是太大，而且往往对盘片新品支持更良好——不难理解，有时刻录机厂商拿 到的测试盘片比市面的零售产品批次更新从而更具前瞻性。从这个角度说，新版本推出后稍等一个月，或者等手头的盘用完再买时再更新Firmware，也许会 是个明智的决定。
对于实际刻录，盘片一般都体现出某个较优化的刻录速度，一般来说8X以下盘片用标称就好，16X盘片不建议使用超过12X的速度（本身时间缩短也很有限） ——这些经验用户也应当根据自己的测试情况进行总结，如果不能测试则可以多参考使用同牌甚至同型刻录机而有条件测试的网友发布的一些经验总结。但是特别提 醒：盘片本身质量和实际刻录效果受批次影响很大，我个人反对所谓极品环码（指测试成绩特别出色的某特定环码的盘）的提法。所谓“极品环码”，顶多只能叫极 品批次，而且其中有相当因素是缘于此批盘更契合当时所用机器的刻录策略。在“极品环码”喊出的同时往往也有反对声音存在，这并不是哪一方面的错误，而只是 根本盘片批次、刻录机情况不同，自然是不能相提并论的。片面攀比 C1C2/PIEPIF实在是没有价值的事情（更不用说民用测试的片面性与参考性，有兴趣的读者可参考我的文章：http: //bbs.cdbest.net/viewthread.php?tid=170186），更何况前面也说了，优秀的C1C2/PIEPIF表现并不等 于长寿命。此外，稳定的系统环境、充足的系统资源（防刻死不是万能的）、通畅的数据流、可靠的电源供应应该是我们在刻录时除了光盘与刻录机之外予以关注的 细节性问题。
在测试和保存中需要引起特别注意的是盘片的外圈和内圈。内圈是分区表所在，一旦损坏则光盘不再可读；外圈在实际使用中更容易磨损（与夹持区也就是固定部位 距离远）；外圈和内圈常常成为写入策略的问题部位（线速度不稳定或者电机转速过高/过低）。所以刻盘忌讳刻得很满，内圈刻录质量非常糟糕的盘片要格外慎重 对待。
最后，在光盘保存上，我们也有很多需要注意的问题。首先要避免的是盘片的物理损伤。光盘对细微的表面划痕并不是很敏感，但是比较严重的划痕还是要小心。弯 折、重压、碰撞都很容易破坏盘片的物理结构。可能一个不经意的弯折、碰撞都能导致CDR反射层脱落、DVDR夹层开胶的恶劣后果。尤其注意，DVDR的夹 层结构使侧边显得格外的脆弱，磕得稍微严重点就会外围开胶（图）。相应的，DVDR正反面因为都是基板，印刷面划痕一般不会有CDR 那样的反射层损坏的后果。
盘片保存和使用都要避免强光照射以保护脆弱的染料层。将光盘任何一面直对阳光是应当避免的（反射层和印刷面的遮蔽效果都是有限的）。光盘保存的地方应当有 适中的温度和较低的湿度，不宜有剧烈温度变化。密封干燥箱甚至真空箱理论上是比较理想的，但未免太过专业化了，使用也不是很方便。对于一般用户，放在一个 阴凉的抽屉或者柜子中，更小心的话放上两包干燥剂已经足够了。没有承压外壳（硬质CD盒等）情况下如果横置，盘片堆叠不要过高。此外要注意的就是特别珍贵 数据的定期备份。
刻录光盘能储存多久而不致因为本身材料各种形式的变质而导致数据丢失？厂商的回答是令人乐观的，多为数十年，甚至也有上百年的。当然，往往这些字眼前后都 会加上“理论寿命”、“实验室条件”等限定性字眼。从当初的CD刻录时代到现在，这种数十年乃至上百年的美好愿望早已经被无情的事实所打破。很多碟片储存 数年甚至不到一年之后就开始出现数据丢失：表现为光盘有不可读或读取错误的损坏数据块，或者干脆无法被光驱识别。到了如今DVD刻录进入普及化阶段，光盘 的短命现象似乎更加普遍。一时间不少论坛“谈盘色变”，硬盘与光存储的取舍争论此起彼伏，无数本想加入刻录大军的人以怀疑夹杂着震惊的口吻在各IT论坛大 声求证——“光盘到底能保存多久？我还能相信它吗？”
（一） 光与磁，合作更胜较量
光存储可以购买单独的刻录碟片作为耗材使用，容量扩展方便。成本上，目前硬盘单GB成本超过2元，而市面上名牌16X DVDR的单GB成本才0.6元，差距达到200%以上。从交换便利性来说，拆硬盘从安全性和可操作性来说显然不如光存储的独立盘片设计。但是，光存储也 有读写速度相对缓慢、大多数盘片不可改写（某些情况下这也是优势）、单盘容量不大的缺点。
可以看到，光存储本身与硬盘在特性上有很大的差异，两者其实并无太大的冲突，反而能凸现出互补的应用空间。我们通常认为，光存储更偏向于“存”，数据保存 量可能很大，但是访问频率并不很高；或者有频繁的数据交换需求，速度要求不苛刻。而硬盘不但要“存”，更要“用”，数据访问频率相对更高，对速度也有相当 的要求。例如现今很多游戏玩家都习惯用虚拟光驱加载光盘镜像来进行游戏，避免更换光盘的麻烦，又保护光驱，游戏载入速度往往还有显著提高；另一方面，从高 码率DVDRip到DVDISO视频乃至HDTV视频的流行是DVD刻录机甚至未来的蓝光刻录机普及的强有力推动。当用户因为硬盘空间不足而购置刻录机之 后，首先“解决”的往往就是那些体积不小、放着不怎么用删了却又显得可惜的内容吧？
（二） “数据无价”口号不能乱喊——数据的时效性之我见
上面我们谈到了，光存储多用于数据保存备份与交换。那么在提出对光盘寿命的要求之前，我们应该先问问自己：这数据我需要存留多久？
有个好友与我谈到了很“可爱”的例子：他是个光存储爱好者，某日从自己的盘堆中翻出一张刻过了的柯达黄金CD-R。这种CD-R当年以寿命长久而且价格颇 为昂贵著称。他想不起这碟里面刻了什么东西，放进光驱打开一看，不禁哑然失笑——孤零零的一个PhotoShop 6.0。
从这个例子我们可以看出，至少一部分用户在某些情况下对数据保存有一种冲动：珍贵的数据就应该不惜血本下“猛料”。然而对这个“珍贵”的认识，现在看来却 有很大的问题：数据所起的作用只是影响其珍贵程度的一个因素，甚至不是最重要的因素；数据的本身获得的难易程度、数据的更新速度这些决定数据时效性的因素 很大程度上决定了对于存储来说数据的“实际”珍贵程度。
工具软件、数据资料，这些数据不可谓不重要，但是在互联网尤其是各种形式的宽带接入高度普及的现在，他们要么非常容易获得，要么版本更新频繁，也就完全没 有必要对存储寿命有过高的要求。即使对于正版软件光盘的备份，也应该考虑到，因为价格因素无法逐版升级，总体的进步趋势不可避免——何况正版软件载体光盘 一般都是优质压制光盘，本身保存稳定性强于一般的刻录盘。因而可以认为，对绝大多数软件与纯数据备份，因为它们有效时间比较短，根本没有长期存储的需求。
那么网络下载或者个人复制的影音数据呢？这类数据由于内容所含有的艺术价值可以被反复享用，从而其内容往往有超过普通数据的时效性——然而，我们需要它“天长地久”吗？
对于一部电影，其实大多数用户看过两三遍甚至一遍之后就再也不会重温，即使个别经典令人百看不厌，也往往意味着即使很久之后，这些电影因为广受好评而仍然 很容易下载/购买/租借到，所以仍然不显得特别的珍贵。很多用户刻录电影的原因往往是：硬盘放不下了；想在影碟机上看；刻成盘给亲戚朋友看。当然，其中也 会有特例，毕竟众口难调，一些用户也许会有自己的收藏。
对于音乐，这个问题更显得复杂了。一张流行音乐唱片，其内容能流传多久？以你听音乐的习惯，会珍视它多久？在这个快餐文化流行的时代，这真的是很难回答的 问题——然而通常来说，恐怕并不会太长久。对于时常更新而体积相对袖珍的MP3等压缩格式，硬盘有时是更好的选择。这方面的长期存储需求大多是一些个人收 藏，其中APE、FLAC这样的无损压缩格式更受青睐一些。但实际情况可能也只是经常听其中的一部分，而大多数是满足个人“收藏欲”或者保存真正珍贵的高 价唱片而已。
最后，我认为毫无疑问具有几乎永久价值的是纯粹的个人数据：文稿、照片、录音、DV影像或者任何其它形式的个人记录与作品。这些数据具有终生纪念性与唯一性——无法再从其他渠道获得，从而需要长期乃至永久的保存，也就成为了对光存储寿命提出了最苛刻要求的应用。
综上所述，理性思考数据时效性，根本上是正视自己的实际使用需求，这样我们发现，对大多数人，真正需要珍藏的东西恐怕并没有想象中那么多。虽然如此，过短的寿命仍然是我们不能接受的，是什么造成了光盘失效呢？
（三） 浅析影响光盘寿命的因素
首先我们以最常用的CDR和DVDR作为代表来看一下刻录碟片的结构。CD主要分为保护层、反射层、染料层和基板；DVDR读取/刻录波长短，轨道间距与数据间隙小，聚焦更为精细，因此数据层与读取面距离更近，所以采用的是反射层与染料层夹在两层基板之间的结构。
工作原理上，CDR与DVDR是完全相同的：光头发出激光从读取面射入，经过基板和染料层，经反射层反射原路返回。反射层反射率较高，基板正常状态下透光 率也很高，改变光信号主要依靠染料。染料是各种特殊的有机材质，具有对特定波长光的光敏特性，在特定波长光的照射下分子结构会发生改变，从对光吸收相对较 少的状态变为对光吸收较多的状态。刻录时，光头射出波长与读取激光束相同但是功率大一个数量级以上的刻录激光束，在控制芯片控制下根据数据编码对染料进行 局部照射，使该部位染料分子结构变化。这样在读取时，这些吸收光较多的区域与吸收较少的区域就形成了对比，模拟出了压制光盘的坑-台（Pit-Land） 效果。这个过程，如果把反射层比喻为镜子，基板是几乎完全透明的空气，染料是镜子前原本半透明的一层覆膜。刻录过程，就是根据指令把这层覆膜上的特定部位 烤焦。烤焦的部位与透光的部位对比就形成了我们需要的图案——数据的排列。
光盘每个组成部分的寿命，都影响着光盘整体的寿命——需要指出，所谓寿命，并不只是说个例所能达到的最高水平，也不会是偶尔比较糟糕的情况下遇到的情况，而应该是某种盘片中绝大多数良品在一定情况下所表现出来的保存性能——这种寿命评估，只能是概率的、总体的、估计的。
反射层是厂商经常喜欢做文章的一个因素。然而事实上染料才是寿命的主要决定因素——其不稳定性远比反射层来的显著。压制盘反射层一般采用铝，刻录盘由于溅 镀工艺与反射率、染料技术的逐步改进，先后使用过金、银、铝等材质。反射层并非材质选用的主要因素，而是因为这三种金属本身能够被溅镀的难易程度与稳定 性。从反射率上说，染料的影响更明显，不同金属反射层的反射率与具体工艺关系很大，也没有染料那样的决定性作用。反射层的主要破坏形式是物理损伤和氧化。 对于对抗氧化，金的确有先天的优势，所以在一些特别设计的以长寿命为主要诉求的盘片上，仍然坚持使用金作为反射层材质。当然这些盘的价格一般是比较昂贵 的。然而对于普通盘片，考虑到相对不足的整体做工和并无特别设计的染料，只要其制造不出现问题，反射层密封良好，那么使用昂贵的金并不会比相对廉价的银或 铝有什么实际的优势。
染料的寿命，在当前技术条件下，是影响盘片整体寿命最主要的因素，或者说最为脆弱的一环——这不难理解：功能上要求染料必须具有一定化学活性才能在刻录时 产生变化，但对于保存，这种活性就体现为一种不稳定性。染料研发的重要目标之一就是解决这种功能实现与保存稳定性之间的矛盾：需要同时实现对特定波长写入 光的活性和对其他非写入波长光的惰性，同时还要有较高的常温稳定性。目前来看，染料性能已经足够使用，但离完美距离还非常的遥远。
谈起染料，随便翻开一本稍微有些厚度的刻录指导性书籍，开头往往都是“光盘染料分为三大类：花菁素（Cyanine）、偶氮类（AZO）、肽菁 （Phthalocyanine）”。这种分类自然是正确的，只是需要注意的是，这只是对染料的基本成分/原理的归类，各厂家的实际产品都是在这三大类基 础上有自己的发展，并不能说，同样的染料类型，性能就是一样的——实际上，相同类型的染料，根据需求不同进行调配后，也是会有很大性能差异的。目前一般认 为，三大类染料中，肽菁具有最佳的光照稳定性，偶氮次之，花菁染料相对最差（参看破坏性光照测试：）。但同时也证明了，盘片的光稳定性与具体厂商、盘片本 身质量也有很大关系。优质的花菁染料盘胜过劣质肽菁盘是很正常的事情。
DVDR的染料分类相对简单多了，由于偶氮染料经过调整很迅速的成为了成熟的DVDR染料，而花菁、肽菁没能做到这一点，所以偶氮类染料很快就成为目前市 面上几乎所有DVDR所采用的染料类型——即使作为染料研发能力极为出色、花菁素染料发明者的太阳诱电所产盘片也是如此。
一般来说，鉴别染料类型是比较简单的：没有装饰性加色时，使用三种染料的CDR光盘刻录面颜色差异显著。DVDR除了早期能看到使用紫红色染料（疑似花菁的改进型，不肯定），目前基本都是使用偶氮类染料，刻录面深蓝色。
本体颜色 配合金反射层的
刻录面颜色 配合银或铝反射层
的刻录面颜色
花菁 淡蓝色，偏绿 绿色（绿盘） 很淡蓝色（水蓝盘）
肽菁 淡黄色 淡金色（黄金盘） 接近无色的淡黄（白金盘）
偶氮 蓝色，偏紫 未见过此种搭配 蓝色（深蓝盘/浅蓝盘）
染料的脆弱性还体现在它的易氧化性上。也许某张盘存储的电影中，男主角会对女主角深情高呼“你是我的氧气”，然而那张盘上的染料却绝对是不折不扣的“见氧即死”。
在 CDR上，这个问题尚不是特别显著。因为在CDR上，染料一面是厚厚的基板，另一面是除了反射层就是涂布上的保护层。这种涂布上的保护层密封效果比较好， 不容易脱落。除非印刷面遭到重创，保护层和反射层都物理损坏，CDR的染料层基本是不会遇到氧气的。在DVDR上就不是这样了，染料和反射层夹在两层基板 之间，基板的粘合工艺受到了考验。内圈粘合区在夹持区小环与大环之间，比较宽，但恰恰是粘合工艺瑕疵的重灾区。这个区域的胶合工艺瑕疵如气泡、开胶，较早 一些的中低价盘片几乎可以说是“张张必备”。当这些气泡开胶比较细散时，一般不会扩展开来。但是个别比较严重的情况下特别是高速刻录时，一旦这些气泡、开 胶扩展开来，直到数据记录区域，空气就会乘隙而入，不巧首先碰到的就是内圈的分区信息——盘片几乎“瞬间死亡”。这是DVD刻录盘忽然间显得“高危”并受 到声讨的重要原因。目前来看，粘合工艺已经成熟了很多，常见中高价盘片中基本看不到这样的瑕疵了。
刻录质量是盘片寿命的基础，如果原先刻录质量就不好，光反射信号就显得模糊难辨，稍经时日盘片有所老化，自然很快就难以读取；反之，如果刻录质量优秀从而反射信号清晰可辨，即使有所变质老化，其信号的清晰度依旧高于光头读取的阈值，盘片仍然可读，寿命就显得更长。
具体怎样检测盘片的染料状态呢？我认为，C1C2/PIEPIF测试是简易可行并且实用有效的方法，前者用于CDR/RW，后者用于DVDR/RW。 PIE /PIF测试在Nero CD-DVD Speed和LiteOn KProbe软件中一般称呼为PIE/PIF测试，Plextor专用的PlexToolProfessional叫做PIPO测试，虽然两者表述指标并 不等同，但是有相关关系，测试功能也近似，所以通常交流中提起时并不严格区分。关于这两种测试的具体介绍请参看其他资料比如微型计算机DVD刻录机评测中 有关内容。要特别注意测试时的读取速度设定。速度设定比较低时，如2X、4X等不超过8X情况下，基板稳定性对测试不造成太大影响，这样的低读取速度测试 主要考校染料的情况。高速测试则更体现为综合染料和基板两方面因素的高速稳定性。当然，高速测试对染料状况仍有一定代表性，而且速度快，不严格测试也可选 用。看一个测试的时候，需要结合其具体读取速度来看，尤其Nero CD-DVD Speed默认读取速度为最大，而一些光驱读取不同光盘速度设定不一致，这样的测试有时就显得没有站在同一起跑线上。
对于质量不太差的盘片，基板和反射层都不会有太严重的问题，染料刻录后分子结构转变是否足够彻底、与原始状态对比是否强烈是盘片低速测试成绩的决定性因 素。一般认为，优秀盘片的测试成绩应该是在平坦曲线的前提下具有较低的C1C2/PIEPIF数值。但是对于盘片保存来说，倒不一定追求很低的C1C2 /PIEPIF值。比如，可能某种盘片的染料更多的考虑存储耐久性而特别设计，惰性比较强，刻录后对比不十分强烈，测试成绩自然不会很好，但是实际寿命却 很长，数据历久弥新。而有的盘片，染料活性强，刻录效果较好，但是由于本身稳定性不足或者做工不佳导致最终早夭。这不仅仅是可能，也是有实例依据的。所 以，C1C2/PIEPIF成绩虽然能表现盘片的刻录效果，但绝不是对盘片质量的完整描述，不代表盘片的实际保存寿命。C1C2/PIEPIF曲线起伏很 大或者数值过高这样的糟糕成绩，表示盘片本身刻录情况就堪忧，保存潜力值得怀疑；相反，C1C2/PIEPIF成绩很好，也仅仅表示盘片在测试时染料状态 良好，并不能仅仅依据这点认为该盘片的保存寿命就一定会很长。
最后还要提到基板。几乎所有的光盘都使用聚碳酸酯这种被认为具有优秀常温稳定性和光学特性的塑料作为基板材质。然而很遗憾，新的研究表明它并不是那么可靠 （已经麻木了吧？），受光照、温度、湿度乃至生化因素影响，寿命很可能远远达不到预期的100年，关键原因仍然是各种形式的氧化作用，但并不表示仅仅是氧 气的问题。这种未曾预期的相对高速老化虽然远比染料的老化变质来得慢，但他不仅仅威胁到刻录盘，也威胁到压制盘——所谓“百年品质”，不过是个笑话。
此外还有各层之间所用材料或材料中杂质造成的层与层间互相腐蚀，只作为一个因素，缺乏相关信息。
（四） 不可能的任务？——延长光盘保存寿命的点点滴滴
“ 危言耸听”了那么一大段，是不是对光存储失望透顶？我们正是要有正视困难的态度才能有战胜困难的勇气（笑）。回顾第一、二章，我们首先要控制住无谓而莫名 的恐惧：纵然光盘保存时间远不如厂商所宣传，我们的大多数应用本也用不着那么长久的存储寿命。当问题不实际影响我们的应用时，也就不成为问题了。对于寿命 有一定要求乃至有几乎永久性寿命要求的珍贵资料，我们仍有很多优秀的产品能够选择，有很多的方法去尽量最大化盘片的寿命。
让我们从最初的产品选择开始——介绍品牌并不是本文宗旨，市场瞬息万变，需要掌握的应该是怎么审视自我需求，找寻适宜产品。
刻录机选择可谓一团迷雾，功能、刻录性能、质量、价格，每个人都有自己的需求和衡量标准。个人以为各大一线品牌的产品都有可取之处，但也都不是尽善尽美。 对于刻录质量，个人并不认为在这些品牌中有特别突出的或者明显落后的，而往往是体现出对于某一类、某几个品牌甚至某一批次盘片特别突出的刻录效果。这与盘 片本身并不稳定的批次质量、复杂且不时转换的代工关系、染料配方不断的改进以及刻录机刻录策略随Firmware更新不断的调整有很大关系。与其苦苦寻觅 一个很可能本不存在的最佳，不如根据自己实际的功能/性能/价格需求和品牌偏好选择，然后在盘片选择上下功夫。
盘片选购须特别注意自己的需求与刻录机本身兼容性偏向。-R与+R在使用方法和实现效果上并不体现出什么本质差异，根据自己刻录机的兼容偏好选择即可。盘 片的实际刻录效果也时常受制于刻录策略的更新，尤其当盘片厂商对产品有较大调整时。有时仅仅是一版Firmware更新就能让一款盘片的刻录效果翻天覆 地。在此仅举近期一例，Kodak的 8X +R盘片（MID：AML 002）在我看来具有其类似价位盘片中较为出色的做工。但是，在Plextor 716A刻录机上，这种盘片以6X、8X刻录出盘片的测试成绩都比较不好，曲线既不稳定，PIPO（前面说了，类同PIEPIF测试）数值也比较高，只有 降速到4X的效果才算令人满意——然而一张盘15分钟还是不那么令人愉悦的。在其他一些品牌的刻录机上，这种盘的表现也有类似情况。但是，如果换用 LiteOn或者NEC的刻录机，却能有较为出色的表现，也就是说，使用LiteOn或者NEC刻录机的用户买这种盘片可能会是比较不错的选择。在此重申 一下：C1C2/PIEPIF只是寿命的基础，很多优秀盘片比如著名的TDK超硬系列并没有特别出色的PIEPIF成绩。
盘片的做工是需要实际观察的。一张做工优秀的光盘，以DVDR为例，可以从以下方面观察。首先，染料层与反射层完好——不能有缺损，整体看起来均匀，没有 可见瑕疵。反射层使用金属溅镀工艺涂布，很多因素会影响其质量。比如基板清洁不到位就可能导致反射层有缺损，溅镀工艺参数设定不好就会导致反射层不均匀。 客观地说，反射层与染料涂布问题在刻录盘制造工艺比较成熟的现在，出现在零售产品中是很罕见的，但是据闻厂家确实容许一定程度的瑕疵存在。我就买到过有明 显反射层瑕疵的名牌盘片 ——一整桶的CDR居然在同一个位置有一个针尖大小的反射层缺失点，刻出的盘在对应位置就体现出一个C2尖峰，用于CDAudio刻录就会有暴音。其次， 看DVDR胶合质量与CDR的保护层涂布质量。DVDR内圈的胶合区应该均匀平整，最好不含有气泡，胶合边缘整齐没有局部胶水突出或内陷的情况——简单的 说，对光一看，匀净整齐比较悦目的，一般就比较不错。外圈主要是看保护层或者胶合所挤出的不规则边缘，也就是“塑料泪”是否相对平滑整齐均匀。再者看基板 的工艺，除了整体平整光滑外，注意内外边缘，应当没有飞边，手指套在中间孔洞处转动、沿盘片外边沿滑动，应当没有“刺感”。最后，关于盘片厚度，消费者心 目中“堆砌良材即为上品”的观念并不科学，符合标准但偏薄的光盘毫无疑问有利于厂商节约基板塑料，通常也对一般读取/刻录没有太大影响，但是不利于高速稳 定性，在老光驱上也可能遇到夹盘不紧的故障。客观地说，其影响并不算太大。一张光盘的厚度如果不和其他盘对比，肉眼很难看出差异，但是有种简单的方法：看 50片布丁桶包装，只要桶是一样或者类似的，看50片叠在一起的高度与桶顶部还有多大距离，就基本能看出盘片相对厚度了。
就大陆盘片市场的现实状况来说，作为光存储媒体领域的领导者，三菱/威宝的标准版产品也就是目前所谓的“三菱/威宝白面”具有最良好的兼容性，其价格具有 相当的参考性。通常，如果预备买的盘片价格显著低于三菱/威宝的产品，那么通常多在性价比上打主意；反之，如果价格高于三菱/威宝的同规格产品，我们应当 更多的关注其性能表现而不要对价格过于敏感。这既体现消费者对价格的心理定位，也部分体现了实际市场产品的定位。实践已经一再证明了，总体上，名牌产品以 更高的价格提供了更好的品质——不论是刻录机兼容性上还是实际做工乃至保存寿命。刻录机制造厂商测试盘片厂商的样品后，编写出含有具体刻录策略的 Firmware供给终端消费者更新。大厂的盘片很自然的被更多的选用和测试，兼容性真是想不好都难。而做工方面，大厂的优势更多的是由于对生产流程的成 熟、生产线的良好维护、核心生产技术的掌握以及高价格带来了更低的成本限制。保存寿命优势，其实就是这种兼容性、制造、技术三方面优势的综合。
那么，到底这些盘片能保存多久呢？我认为，三菱/威宝这一级别的DVDR产品，在正确刻录和良好保存（后面会提到）的前提下，目前看来足以提供三年以上的 可靠存储。三年，也许是不长的时间，但是依一般用户数据的时效性，绝大多数刻录应用已经足以应付。所以，对于通常的一般影音数据，这样的盘片已经能满足需 求。对于寿命要求更低的短时间存储或者纯交换性用途的盘片，完全可以选择价格更低廉的盘片。CDR盘片寿命会更长些，但是一般也不要期望五年以上。
但是，对于“珍藏”级别的数据，恐怕没有任何大众化的光电手段能满足您十年甚至更久的存储需求，使用优质产品甚至特殊设计的长寿产品加良好保存毫无疑问可 以大大延长数据的存储寿命 ——但是无人能“保证”一个具体的期限。大多数的光存储产品标签上都会有数据丢失免责声明，而我也从未在任何光储产品宣传上看到非常明确的表示“保证”具 体多久的稳定寿命。当你看到厂商类似这样的介绍时，请首先仔细研读其语句，什么“up to（可达）”、“with proper handeling（在适当操作条件下）”之类含糊其辞“留后路”的说法，恐怕也是厂商的无奈吧！对于这样的珍贵数据，高品质盘片或者双份乃至多重备份是 毫无疑问的，定期翻刻才是保证数据历久弥新的正道。如果要问“那花费岂不是很大？”——有这样的疑问，首先正应该衡量一下自己心目中数据与所付出金钱的价 值对比——珍藏，岂会是没有任何代价的？
刻录习惯上，不论出于提高刻录质量还是保养刻录机的考量，都应避免使用过高的速度刻录或者连续刻录。刻录机的Firmware我推荐使用官方更新中比较新 的版本。虽然有时候更新版本在某些盘片上的刻录效果甚至不如从前，但一般来说差距不是太大，而且往往对盘片新品支持更良好——不难理解，有时刻录机厂商拿 到的测试盘片比市面的零售产品批次更新从而更具前瞻性。从这个角度说，新版本推出后稍等一个月，或者等手头的盘用完再买时再更新Firmware，也许会 是个明智的决定。
对于实际刻录，盘片一般都体现出某个较优化的刻录速度，一般来说8X以下盘片用标称就好，16X盘片不建议使用超过12X的速度（本身时间缩短也很有限） ——这些经验用户也应当根据自己的测试情况进行总结，如果不能测试则可以多参考使用同牌甚至同型刻录机而有条件测试的网友发布的一些经验总结。但是特别提 醒：盘片本身质量和实际刻录效果受批次影响很大，我个人反对所谓极品环码（指测试成绩特别出色的某特定环码的盘）的提法。所谓“极品环码”，顶多只能叫极 品批次，而且其中有相当因素是缘于此批盘更契合当时所用机器的刻录策略。在“极品环码”喊出的同时往往也有反对声音存在，这并不是哪一方面的错误，而只是 根本盘片批次、刻录机情况不同，自然是不能相提并论的。片面攀比 C1C2/PIEPIF实在是没有价值的事情（更不用说民用测试的片面性与参考性，有兴趣的读者可参考我的文章：http: //bbs.cdbest.net/viewthread.php?tid=170186），更何况前面也说了，优秀的C1C2/PIEPIF表现并不等 于长寿命。此外，稳定的系统环境、充足的系统资源（防刻死不是万能的）、通畅的数据流、可靠的电源供应应该是我们在刻录时除了光盘与刻录机之外予以关注的 细节性问题。
在测试和保存中需要引起特别注意的是盘片的外圈和内圈。内圈是分区表所在，一旦损坏则光盘不再可读；外圈在实际使用中更容易磨损（与夹持区也就是固定部位 距离远）；外圈和内圈常常成为写入策略的问题部位（线速度不稳定或者电机转速过高/过低）。所以刻盘忌讳刻得很满，内圈刻录质量非常糟糕的盘片要格外慎重 对待。
最后，在光盘保存上，我们也有很多需要注意的问题。首先要避免的是盘片的物理损伤。光盘对细微的表面划痕并不是很敏感，但是比较严重的划痕还是要小心。弯 折、重压、碰撞都很容易破坏盘片的物理结构。可能一个不经意的弯折、碰撞都能导致CDR反射层脱落、DVDR夹层开胶的恶劣后果。尤其注意，DVDR的夹 层结构使侧边显得格外的脆弱，磕得稍微严重点就会外围开胶（图）。相应的，DVDR正反面因为都是基板，印刷面划痕一般不会有CDR 那样的反射层损坏的后果。
盘片保存和使用都要避免强光照射以保护脆弱的染料层。将光盘任何一面直对阳光是应当避免的（反射层和印刷面的遮蔽效果都是有限的）。光盘保存的地方应当有 适中的温度和较低的湿度，不宜有剧烈温度变化。密封干燥箱甚至真空箱理论上是比较理想的，但未免太过专业化了，使用也不是很方便。对于一般用户，放在一个 阴凉的抽屉或者柜子中，更小心的话放上两包干燥剂已经足够了。没有承压外壳（硬质CD盒等）情况下如果横置，盘片堆叠不要过高。此外要注意的就是特别珍贵 数据的定期备份。
Wednesday, September 24, 2008
Solexa Library Primer Sequences [ZT]
Solexa Library Primer Sequences
Sequences for Solexa Library Preparations:
Oligonucleotide sequences. (C)2006 and 2008 Illumina, Inc. All rights reserved.
Genomic DNA oligonucleotide sequences
Adapters1
5' P-GATCGGAAGAGCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
5' ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
PCR Primers1
5' AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGAGCTCTTCCGATCT
Genomic DNA Sequencing Primer
5' ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
Paired End DNA oligonucleotide sequences
PE Adapters1
5' P-GATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG
5' ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
PE PCR Primers1
5' AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCGGTCTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTCTTCCGATCT
PE Sequencing Primer
5' ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
5' CGGTCTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTCTTCCGATCT
DpnII gene expression oligonucleotide sequences
Gex Adapter 1
5' P-GATCGTCGGACTGTAGAACTCTGAAC
5’ ACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGAC
Gex Adapter 2
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGANN
5' P-TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
Gex PCR Primer 1
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGA
Gex PCR Primer 2
5' AATGATACGGCGACCACCGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGA
Gex Sequencing Primer
5' CGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGACGATC
NlaIII gene expression oligonucleotide sequences
Gex Adapter 1
5' P-TCGGACTGTAGAACTCTGAAC
5' ACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGACATG
Gex Adapter 2
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGANN
5' P-TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
Gex PCR Primer 1
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGA
Gex PCR Primer 2
5' AATGATACGGCGACCACCGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGA
Gex Sequencing Primer
5' CCGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGACATG
Small RNA oligonucleotide sequences
RT Primer
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGA
5' RNA Adapter
5' GUUCAGAGUUCUACAGUCCGACGAUC
3' RNA Adapter
5' P-UCGUAUGCCGUCUUCUGCUUGUidT
Small RNA PCR Primer 1
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGA
Small RNA PCR Primer 2
5' AATGATACGGCGACCACCGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGA
Small RNA Sequencing Primer
5' CGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGACGATC
Re-arrange those sequences:
Genomic DNA
Adapter:
5' -------------------- -----ACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (-) -------------------- -------------- 3'
3' -------------------- -----TGTGAGAAAGGGATG TGCTGCGAGAAGGCTAGp (-) -------------------- -------------- 5'
Adapter:
5' -------------------- -------------------- ------------------ (-) pGATCGGAAGAGCTCGTATG CCGTCTTCTGCTTG 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) TCTAGCCTTCTCGAGCATAC GGCAGAAGACGAAC 5'
PCR Primer:
5' AATGATACGGCGACCACCGA GATCTACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (-) -------------------- -------------- 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) -------------------- -------------- 5'
PCR Primer:
5' -------------------- -------------------- ------------------ (-) -------------------- -------------- 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) TCTAGCCTTCTCGAGCATAC GGCAGAAGACGAAC 5'
Result Library:
5' AATGATACGGCGACCACCGA GATCTACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (N) AGATCGGAAGAGCTCGTATG CCGTCTTCTGCTTG 3'
3' TTACTATGCCGCTGGTGGCT CTAGATGTGAGAAAGGGATG TGCTGCGAGAAGGCTAGA (N) TCTAGCCTTCTCGAGCATAC GGCAGAAGACGAAC 5'
Genomic DNA Sequencing Primer:
5' -------------------- -----ACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (-) -------------------- -------------- 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) -------------------- -------------- 5'
DpnII gene expression
Gex Adapter 1:
5' -------------------A CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGAC--------------- -------------------- ------ 3'
3' -------------------- ---CAAGTCTCAAGATGTCA GGCTGCTAGp---------- -------------------- ------ 5'
Gex Adapter 2:
5' -------------------- -------------------- -------------------- ----pTCGTATGCCGTCTTC TGCTTG 3'
3' -------------------- -------------------- -------------------- ---NNAGCATACGGCAGAAG ACGAAC 5'
Gex PCR Primer 1:
5' -------------------- -------------------- ----------------------------------------- ------ 3'
3' -------------------- -------------------- -------------------- -----AGCATACGGCAGAAG ACGAAC 5'
Gex PCR Primer 2:
5' AATGATACGGCGACCACCGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGA---------------- -------------------- ------ 3'
3' -------------------- -------------------- -------------------- -------------------- ------ 5'
Result Library:
5' AATGATACGGCGACCACCGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGACGATCNNNNNNNNNNN NNNNNTCGTATGCCGTCTTC TGCTTG 3'
3' TTACTATGCCGCTGGTGGCT GTCCAAGTCTCAAGATGTCA GGCTGCTAGNNNNNNNNNNN NNNNNAGCATACGGCAGAAG ACGAAC 5'
Gex Sequencing Primer:
5' -----------------CGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGACGATC----------- -------------------- ------ 3'
3'--------------------- -------------------- -------------------- -------------------- ------ 5'
NlaIII gene expression
Gex Adapter 1:
5' -------------------A CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGACATG------------ -------------------- ------ 3'
3' -------------------- ---CAAGTCTCAAGATGTCA GGCTp--------------- -------------------- ------ 5'
Gex Adapter 2:
5' -------------------- -------------------- -------------------- ----pTCGTATGCCGTCTTC TGCTTG 3'
3' -------------------- -------------------- -------------------- ---NNAGCATACGGCAGAAG ACGAAC 5'
Gex PCR Primer 1:
5' -------------------- -------------------- -------------------- -------------------- ------ 3'
3' -------------------- -------------------- -------------------- -----AGCATACGGCAGAAG ACGAAC 5'
Gex PCR Primer 2:
5' AATGATACGGCGACCACCGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGA---------------- -------------------- ------ 3'
3' -------------------- -------------------- -------------------- -------------------- ------ 5'
Result Library:
5' AATGATACGGCGACCACCGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGACATGNNNNNNNNNNNN NNNNNTCGTATGCCGTCTTC TGCTTG 3'
3' TTACTATGCCGCTGGTGGCT GTCCAAGTCTCAAGATGTCA GGCTGTACNNNNNNNNNNNN NNNNNAGCATACGGCAGAAG ACGAAC 5'
Gex Sequencing Primer:
5' ----------------CCGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGACATG------------ -------------------- ------ 3'
3' -------------------- -------------------- -------------------- -------------------- ------ 5'
Small RNA
5' RNA Adapter:
5' -------------------- ---GUUCAGAGUUCUACAGU CCGACGAUC (-) -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- --------- (-) -------------------- - 5'
3' RNA Adapter:
5' -------------------- -------------------- --------- (-)pUCGUAUGCCGUCUUCUGCUU GUidT 3'
3' -------------------- -------------------- --------- (-) -------------------- - 5'
RT Primer:
5' -------------------- -------------------- --------- (-) -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- --------- (-) AGCATACGGCAGAAGACGAA C 5'
Small RNA PCR Primer 1:
5' -------------------- -------------------- --------- (-) -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- --------- (-) AGCATACGGCAGAAGACGAA C 5'
Small RNA PCR Primer 2:
5' AATGATACGGCGACCACCGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGA----- (-) -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- --------- (-) -------------------- - 5'
Result Library:
5' AATGATACGGCGACCACCGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGACGATC (N) TCGTATGCCGTCTTCTGCTT G 3'
3' TTACTATGCCGCTGGTGGCT GTCCAAGTCTCAAGATGTCA GGCTGCTAG (N) AGCATACGGCAGAAGACGAA C 5'
Small RNA Sequencing Primer:
5' -----------------CGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGACGATC (-) -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- --------- (-) -------------------- - 5'
Paired-end DNA
PE Adapter1:
5' -------------------- -----ACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 3'
3' -------------------- -----TGTGAGAAAGGGATG TGCTGCGAGAAGGCTAGp (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 5'
PE Adapter2:
5' -------------------- -------------------- ------------------ (-) pGATCGGAAGAGCGGTTCAG CAGGAATGCCGAG------- -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) TCTAGCCTTCTCGCCAAGTC GTCCTTACGGCTC------- -------------------- - 5'
PE PCR Primer1:
5' AATGATACGGCGACCACCGA GATCTACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 5'
PE PCR Primer2:
5' -------------------- -------------------- ------------------ (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) TCTAGCCTTCTCGCCAAGTC GTCCTTACGGCTCTGGCTAG AGCATACGGCAGAAGACGAA C 5'
Result Library:
5' AATGATACGGCGACCACCGA GATCTACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (N) AGATCGGAAGAGCGGTTCAG CAGGAATGCCGAGACCGATC TCGTATGCCGTCTTCTGCTT G 3'
3' TTACTATGCCGCTGGTGGCT CTAGATGTGAGAAAGGGATG TGCTGCGAGAAGGCTAGA (N) TCTAGCCTTCTCGCCAAGTC GTCCTTACGGCTCTGGCTAG AGCATACGGCAGAAGACGAA C 5'
PE DNA Sequencing Primer1
5' -------------------- -----ACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 5'
PE DNA Sequencing Primer2
5' -------------------- -------------------- ------------------ (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) TCTAGCCTTCTCGCCAAGTC GTCCTTACGGCTCTGGC--- -------------------- - 5'
Sequences for Solexa Library Preparations:
Oligonucleotide sequences. (C)2006 and 2008 Illumina, Inc. All rights reserved.
Genomic DNA oligonucleotide sequences
Adapters1
5' P-GATCGGAAGAGCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
5' ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
PCR Primers1
5' AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGAGCTCTTCCGATCT
Genomic DNA Sequencing Primer
5' ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
Paired End DNA oligonucleotide sequences
PE Adapters1
5' P-GATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG
5' ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
PE PCR Primers1
5' AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCGGTCTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTCTTCCGATCT
PE Sequencing Primer
5' ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT
5' CGGTCTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTCTTCCGATCT
DpnII gene expression oligonucleotide sequences
Gex Adapter 1
5' P-GATCGTCGGACTGTAGAACTCTGAAC
5’ ACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGAC
Gex Adapter 2
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGANN
5' P-TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
Gex PCR Primer 1
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGA
Gex PCR Primer 2
5' AATGATACGGCGACCACCGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGA
Gex Sequencing Primer
5' CGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGACGATC
NlaIII gene expression oligonucleotide sequences
Gex Adapter 1
5' P-TCGGACTGTAGAACTCTGAAC
5' ACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGACATG
Gex Adapter 2
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGANN
5' P-TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
Gex PCR Primer 1
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGA
Gex PCR Primer 2
5' AATGATACGGCGACCACCGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGA
Gex Sequencing Primer
5' CCGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGACATG
Small RNA oligonucleotide sequences
RT Primer
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGA
5' RNA Adapter
5' GUUCAGAGUUCUACAGUCCGACGAUC
3' RNA Adapter
5' P-UCGUAUGCCGUCUUCUGCUUGUidT
Small RNA PCR Primer 1
5' CAAGCAGAAGACGGCATACGA
Small RNA PCR Primer 2
5' AATGATACGGCGACCACCGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGA
Small RNA Sequencing Primer
5' CGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGACGATC
Re-arrange those sequences:
Genomic DNA
Adapter:
5' -------------------- -----ACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (-) -------------------- -------------- 3'
3' -------------------- -----TGTGAGAAAGGGATG TGCTGCGAGAAGGCTAGp (-) -------------------- -------------- 5'
Adapter:
5' -------------------- -------------------- ------------------ (-) pGATCGGAAGAGCTCGTATG CCGTCTTCTGCTTG 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) TCTAGCCTTCTCGAGCATAC GGCAGAAGACGAAC 5'
PCR Primer:
5' AATGATACGGCGACCACCGA GATCTACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (-) -------------------- -------------- 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) -------------------- -------------- 5'
PCR Primer:
5' -------------------- -------------------- ------------------ (-) -------------------- -------------- 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) TCTAGCCTTCTCGAGCATAC GGCAGAAGACGAAC 5'
Result Library:
5' AATGATACGGCGACCACCGA GATCTACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (N) AGATCGGAAGAGCTCGTATG CCGTCTTCTGCTTG 3'
3' TTACTATGCCGCTGGTGGCT CTAGATGTGAGAAAGGGATG TGCTGCGAGAAGGCTAGA (N) TCTAGCCTTCTCGAGCATAC GGCAGAAGACGAAC 5'
Genomic DNA Sequencing Primer:
5' -------------------- -----ACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (-) -------------------- -------------- 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) -------------------- -------------- 5'
DpnII gene expression
Gex Adapter 1:
5' -------------------A CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGAC--------------- -------------------- ------ 3'
3' -------------------- ---CAAGTCTCAAGATGTCA GGCTGCTAGp---------- -------------------- ------ 5'
Gex Adapter 2:
5' -------------------- -------------------- -------------------- ----pTCGTATGCCGTCTTC TGCTTG 3'
3' -------------------- -------------------- -------------------- ---NNAGCATACGGCAGAAG ACGAAC 5'
Gex PCR Primer 1:
5' -------------------- -------------------- ----------------------------------------- ------ 3'
3' -------------------- -------------------- -------------------- -----AGCATACGGCAGAAG ACGAAC 5'
Gex PCR Primer 2:
5' AATGATACGGCGACCACCGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGA---------------- -------------------- ------ 3'
3' -------------------- -------------------- -------------------- -------------------- ------ 5'
Result Library:
5' AATGATACGGCGACCACCGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGACGATCNNNNNNNNNNN NNNNNTCGTATGCCGTCTTC TGCTTG 3'
3' TTACTATGCCGCTGGTGGCT GTCCAAGTCTCAAGATGTCA GGCTGCTAGNNNNNNNNNNN NNNNNAGCATACGGCAGAAG ACGAAC 5'
Gex Sequencing Primer:
5' -----------------CGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGACGATC----------- -------------------- ------ 3'
3'--------------------- -------------------- -------------------- -------------------- ------ 5'
NlaIII gene expression
Gex Adapter 1:
5' -------------------A CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGACATG------------ -------------------- ------ 3'
3' -------------------- ---CAAGTCTCAAGATGTCA GGCTp--------------- -------------------- ------ 5'
Gex Adapter 2:
5' -------------------- -------------------- -------------------- ----pTCGTATGCCGTCTTC TGCTTG 3'
3' -------------------- -------------------- -------------------- ---NNAGCATACGGCAGAAG ACGAAC 5'
Gex PCR Primer 1:
5' -------------------- -------------------- -------------------- -------------------- ------ 3'
3' -------------------- -------------------- -------------------- -----AGCATACGGCAGAAG ACGAAC 5'
Gex PCR Primer 2:
5' AATGATACGGCGACCACCGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGA---------------- -------------------- ------ 3'
3' -------------------- -------------------- -------------------- -------------------- ------ 5'
Result Library:
5' AATGATACGGCGACCACCGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGACATGNNNNNNNNNNNN NNNNNTCGTATGCCGTCTTC TGCTTG 3'
3' TTACTATGCCGCTGGTGGCT GTCCAAGTCTCAAGATGTCA GGCTGTACNNNNNNNNNNNN NNNNNAGCATACGGCAGAAG ACGAAC 5'
Gex Sequencing Primer:
5' ----------------CCGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGACATG------------ -------------------- ------ 3'
3' -------------------- -------------------- -------------------- -------------------- ------ 5'
Small RNA
5' RNA Adapter:
5' -------------------- ---GUUCAGAGUUCUACAGU CCGACGAUC (-) -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- --------- (-) -------------------- - 5'
3' RNA Adapter:
5' -------------------- -------------------- --------- (-)pUCGUAUGCCGUCUUCUGCUU GUidT 3'
3' -------------------- -------------------- --------- (-) -------------------- - 5'
RT Primer:
5' -------------------- -------------------- --------- (-) -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- --------- (-) AGCATACGGCAGAAGACGAA C 5'
Small RNA PCR Primer 1:
5' -------------------- -------------------- --------- (-) -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- --------- (-) AGCATACGGCAGAAGACGAA C 5'
Small RNA PCR Primer 2:
5' AATGATACGGCGACCACCGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGA----- (-) -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- --------- (-) -------------------- - 5'
Result Library:
5' AATGATACGGCGACCACCGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGACGATC (N) TCGTATGCCGTCTTCTGCTT G 3'
3' TTACTATGCCGCTGGTGGCT GTCCAAGTCTCAAGATGTCA GGCTGCTAG (N) AGCATACGGCAGAAGACGAA C 5'
Small RNA Sequencing Primer:
5' -----------------CGA CAGGTTCAGAGTTCTACAGT CCGACGATC (-) -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- --------- (-) -------------------- - 5'
Paired-end DNA
PE Adapter1:
5' -------------------- -----ACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 3'
3' -------------------- -----TGTGAGAAAGGGATG TGCTGCGAGAAGGCTAGp (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 5'
PE Adapter2:
5' -------------------- -------------------- ------------------ (-) pGATCGGAAGAGCGGTTCAG CAGGAATGCCGAG------- -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) TCTAGCCTTCTCGCCAAGTC GTCCTTACGGCTC------- -------------------- - 5'
PE PCR Primer1:
5' AATGATACGGCGACCACCGA GATCTACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 5'
PE PCR Primer2:
5' -------------------- -------------------- ------------------ (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) TCTAGCCTTCTCGCCAAGTC GTCCTTACGGCTCTGGCTAG AGCATACGGCAGAAGACGAA C 5'
Result Library:
5' AATGATACGGCGACCACCGA GATCTACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (N) AGATCGGAAGAGCGGTTCAG CAGGAATGCCGAGACCGATC TCGTATGCCGTCTTCTGCTT G 3'
3' TTACTATGCCGCTGGTGGCT CTAGATGTGAGAAAGGGATG TGCTGCGAGAAGGCTAGA (N) TCTAGCCTTCTCGCCAAGTC GTCCTTACGGCTCTGGCTAG AGCATACGGCAGAAGACGAA C 5'
PE DNA Sequencing Primer1
5' -------------------- -----ACACTCTTTCCCTAC ACGACGCTCTTCCGATCT (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 5'
PE DNA Sequencing Primer2
5' -------------------- -------------------- ------------------ (-) -------------------- -------------------- -------------------- - 3'
3' -------------------- -------------------- ------------------ (-) TCTAGCCTTCTCGCCAAGTC GTCCTTACGGCTCTGGC--- -------------------- - 5'
7 best Ubuntu GUI Tips [ZT]
OK so i admit I'm a lazy ass linux user. I never had that love for the console since the Red Hat 7.2 days.
So here's my short top 10 things that you can easily tweak in Ubuntu that you can do very easily using the GUI interface tools.
I'm specifying Ubuntu because in other Linux distribution the Gnome menu layout could be slightly different.
1. Make your fonts looks spiffier.
Usually if you have an LCD display the font config isn't set correctly and you have slightly edgier fonts. You can easily fix it by going to System > Preferences > Appearance > Click on the Fonts tab > Select Subpixel Smoothing. It should update in real time. Also it will crash/close your firefox session so you have to restart it.
2. How to share your home folder / any other folder easily. (Tested in ubuntu 8.04, 8.10)
Right click on a folder. Click Share, Select the name you want for your shared folder, select if you want or not writing permissions or if someone can access that folder directly without any password (guest functionality) . For the first time only it will ask you approve to install samba. The problem is that it doesn't tell you that you have to login/logout to be able to share folders after that (i really don't know if this is a bug),
3. Configure any boot parameters
So if you don't want to see a bunch of choices in your grub editor, want to change the timeout, the colors, prompt for a grub password etc, you can easily install Startup Manager
Click on Applications > Add/Remove > Select Show All available Applications (if you didn't already), confirm that choice > type in the search bar startup manager > check the package with the same name > apply changes.
Now the application will be in the System > Administration > StartUp-Manager.
See the application homepage for more details and some screenshots.
4. Enable Ubuntu Backports
Some packages remain fairly old in Ubuntu after a release is made, but thanks to the community the most popular packages get updated once a new release is made.
To enable this is fairly easy. Go to System > Administration > Software Sources > click on the Updates tab > Check Unsupported Updates.
5. Add a nice clipboard manager
Sometimes when you close a program from where you copied some text the paste becomes unavailble. To easily fix this and also have an history of past copies you can install the lightweight Parcellite clipboard manager.
Go to Applicatiosn > Add/remove > select all available applications (if you didn't do that already) > ype parcellite in the search box > Select the package and apply changes.
The nasty part about this is that you have to manually start it each time you start the computer. You can fix this very easy by going to System > Preferences > Sessions > Startup Programs tab > Click add > Enter Parcellite as the name of the program (so you know what program starts), Click browse for the command > Select Filesystem on the left side > double click the usr folder > double click the bin folder > select an entry and start typing the programs name, the search feature should take you to the parcellite entry > Click Open. On the comments entry you could add Clipboard manager (just to respect the gnome HIG :P) > click Add and that's it.
Remember that you can change parcellite's options by right clicking on it's icon from the tray and selecting Preferences.
Update: As somebody pointed up in the comments parcellite isn't in the 8.04 repository. You can search for glipper. It's very similar and the instructions match. Just replace parcellite with glipper :)
6. Automatically open the currently started applications when you start the computer.
Go to System > Preferences > Sessions > Options tab > Click Remember currently running application
If you always want to remember the applications that you have started you can check the Automatically remember running applications when logging out option.
7. To see the weather in your current location you need to configure the clock applet from the panel
Right click the clock, select Preferences go to the Location tab and add yours. Go to General tab and check Show Weather and Show Temperature. the Configure the weather tab if you want to change different settings like temperature options or wind speed options.
This wanted to be a top 10 list but meh. I can't remember what other options an average user needs.
So here's my short top 10 things that you can easily tweak in Ubuntu that you can do very easily using the GUI interface tools.
I'm specifying Ubuntu because in other Linux distribution the Gnome menu layout could be slightly different.
1. Make your fonts looks spiffier.
Usually if you have an LCD display the font config isn't set correctly and you have slightly edgier fonts. You can easily fix it by going to System > Preferences > Appearance > Click on the Fonts tab > Select Subpixel Smoothing. It should update in real time. Also it will crash/close your firefox session so you have to restart it.
2. How to share your home folder / any other folder easily. (Tested in ubuntu 8.04, 8.10)
Right click on a folder. Click Share, Select the name you want for your shared folder, select if you want or not writing permissions or if someone can access that folder directly without any password (guest functionality) . For the first time only it will ask you approve to install samba. The problem is that it doesn't tell you that you have to login/logout to be able to share folders after that (i really don't know if this is a bug),
3. Configure any boot parameters
So if you don't want to see a bunch of choices in your grub editor, want to change the timeout, the colors, prompt for a grub password etc, you can easily install Startup Manager
Click on Applications > Add/Remove > Select Show All available Applications (if you didn't already), confirm that choice > type in the search bar startup manager > check the package with the same name > apply changes.
Now the application will be in the System > Administration > StartUp-Manager.
See the application homepage for more details and some screenshots.
4. Enable Ubuntu Backports
Some packages remain fairly old in Ubuntu after a release is made, but thanks to the community the most popular packages get updated once a new release is made.
To enable this is fairly easy. Go to System > Administration > Software Sources > click on the Updates tab > Check Unsupported Updates.
5. Add a nice clipboard manager
Sometimes when you close a program from where you copied some text the paste becomes unavailble. To easily fix this and also have an history of past copies you can install the lightweight Parcellite clipboard manager.
Go to Applicatiosn > Add/remove > select all available applications (if you didn't do that already) > ype parcellite in the search box > Select the package and apply changes.
The nasty part about this is that you have to manually start it each time you start the computer. You can fix this very easy by going to System > Preferences > Sessions > Startup Programs tab > Click add > Enter Parcellite as the name of the program (so you know what program starts), Click browse for the command > Select Filesystem on the left side > double click the usr folder > double click the bin folder > select an entry and start typing the programs name, the search feature should take you to the parcellite entry > Click Open. On the comments entry you could add Clipboard manager (just to respect the gnome HIG :P) > click Add and that's it.
Remember that you can change parcellite's options by right clicking on it's icon from the tray and selecting Preferences.
Update: As somebody pointed up in the comments parcellite isn't in the 8.04 repository. You can search for glipper. It's very similar and the instructions match. Just replace parcellite with glipper :)
6. Automatically open the currently started applications when you start the computer.
Go to System > Preferences > Sessions > Options tab > Click Remember currently running application
If you always want to remember the applications that you have started you can check the Automatically remember running applications when logging out option.
7. To see the weather in your current location you need to configure the clock applet from the panel
Right click the clock, select Preferences go to the Location tab and add yours. Go to General tab and check Show Weather and Show Temperature. the Configure the weather tab if you want to change different settings like temperature options or wind speed options.
This wanted to be a top 10 list but meh. I can't remember what other options an average user needs.
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Overview of downtown and north Portland
Window-view from the hallway of our lab
My desk
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